por defecto la ejecución de CGI‘s está limitada a la carpeta /usr/lib/cgi-bin
para activarlos en un directorio
<Directory /var/www/> Options +ExecCGI AddHandler cgi-script .cgi </Directory>
e-dit! http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/cgi.html
Cuidado que si está el ScriptAlias, de todos modos lo buscará ahí…