Para escribir un archivo tipo ISO (imágen de disco) a una memoria USB, no sirve – obviamente – transferirla como archivo, justamente porque el ISO tiene que reemplazar al sistema de archivos del USB.
En Linux se puede usar el comando dd
$ dd if=./debian-7.0.0-i386-netinst.iso of=/dev/sdc 567296+0 registros leídos 567296+0 registros escritos 290455552 bytes (290 MB) copiados, 0,596877 s, 487 MB/s
Donde if= es el input file, o sea la ruta al ISO, y of= es el output file, que corresponde a la ruta al USB.
Y con ésto el USB ya aparece como un instalador de Debian 🙂