De la documentación de log4j >> la forma más simple de incluir un Logger a una aplicación:

import org.apache.log4j.Logger;
import org.apache.log4j.PropertyConfigurator;

public class Ejemplo {

private static final Logger log = Logger.getLogger(Ejemplo.class);

public static void main(String[] args){
try {
//hacer algo
}
catch (Exception e) {
PropertyConfigurator.configure("log4j.properties"); //archivo en el jar
log.error(e.getMessage(), e);
}
}
}

log4j.properties es un archivo de propiedades de java, el cual puse en la carpeta principal src del jar

log4j.rootLogger=debug, R
log4j.appender.R=org.apache.log4j.RollingFileAppender
log4j.appender.R.File=log/ejemplo.log
log4j.appender.R.MaxFileSize=100KB
log4j.appender.R.layout=org.apache.log4j.PatternLayout
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